> извлечь этот документ и не сделать по нему еще один проход.

Можно и иногда (когда надо думать внимательнее) - полезно.

> Почему не сделать эту уточняющую фазу автматической?

Автоматической по условию (не всегда) - можно.
Автоматической всегда - не нужно, потому что жрёт ресурсы, а в простых ситуациях пользы от дополнительных прогонов - нет.

> Но есть новомодное направление "агентов", когда ИИ строится из группы "личностей", которые задают друг другу уточнения и формулируют общий ответ.

Да, это перспективное направление, которое может заменить многие профессии.